Qendra Kombetare e Kontrollit te Barnave aktualisht është organizuar në 7 sektorë.
– 5 sektorë teknik (regjistrimi, inspektimi, analizat, vaksinat, informacioni-marredheniet me jashte)
– 2 sektorë mbështetës (juridik-administrativ dhe ekonomik)
Referuar strukturës organike të vitit 2005 me vitin 2010, numri i përgjithshëm i punonjësve është rritur në masën 30%
Sipas nivelit arsimor QKKB ka punonjës me arsim të lartë (farmacist, mjek, kimist, jurist, ekonomist, etj), të trajnuar në: