Në zbatim të ligjit nr.9643 datë 20.11.2006 “Për prokurimin publik”, i ndryshuar si dhe të VKM nr.1 datë 10.01.2007 “Për miratimin e rregullave të Prokurimit Publik”, i ndryshuar, prane institucionit ngrihet dhe funksionon Njësia e Prokurimit dhe Komisioni për Prokurimin e Blerjeve me Vlera të Vogla, per cdo vit kalendarik.
Përgatiten dhe dorëzohen në afat pranë Ministrisë së Shëndetësisë Regjistri i Realizimeve të Prokurimeve Publike për vitin paraardhes dhe Regjistri i Parashikimeve të Prokurimeve Publike për vitin aktual.
Përpilohen kontrata shtesë për plotësimin e nevojave të fillim vitit me mallra dhe shërbime të ndryshme.
Në kuadër të ngarkimit të Ministrisë së Brendshme për kryerjen e procedurave të prokurimit publik për disa mallra dhe shërbime në emër dhe për llogari të Kryeministrisë, Ministrive dhe institucioneve të varësisë, dërgohen në Ministrinë e Brendshme te dhenat, sasia dhe specifikimet teknike per secilin objekt prokurimi.
Realizohen procedurat e prokurimit elektronik ne sistemin elektronik te prokurimeve publike te Agjencise se Prokurimit Publik.
Mbahen kontakte të vazhdueshme me Agjensinë e Prokurimit Publik në lidhje me ecurinë e procedurave të prokurimit të organizuara nga institucioni, me Ministrine e Shendetesise dhe Ministrine e Brendshme.
Te gjitha procedurat e prokurimit elektronik te Qendres Kombetare te Kontrollit te Barnave, botohen dhe realizohen nepermjet faqes zyrtare ne internet te Agjencise se Prokurimit Publik ( www.app.gov.al ).